Après plus de 200 000 publications scientifiques dans la recherche COVID19 sur un plan mondial, les équipes de Strasbourg ont réussi à détecter un gène mis en cause dans les formes graves du coronavirus. Bonne nouvelle : ce dernier pourrait soulever des pistes de traitement sur le long terme.

Les moteurs de la maladie critique du coronavirus 2019 (COVID-19) restent inconnus. Compte tenu des principaux facteurs de confusion tels que l’âge et les comorbidités, les véritables médiateurs de cette maladie sont restés insaisissables.
Siamak Bahram, Professeur d’immunologie à l’université de Strasbourg, chef de service aux hôpitaux universitaires, responsable d’une unité de recherche Inserm et du Labex Transplantex, et le Docteur Raphaël Carapito, responsable de la plateforme GENOMAX, ont analysé les gènes, protéines et autres composantes du corps humain face au coronavirus pour trouver des pistes vers des facteurs qui conduisent aux formes graves de la maladie.

Sur la base de deux cohortes ne présentant pas de facteur de comorbidités, les équipes ont pu analyser, à l’aide d’équipes internationales pour l’IA, différents gènes présentant un facteur aggravant de la maladie, dont le gène ADAM9.

Résumé de l’étude

L’intégralité de l’étude est disponible dans le lien en deçà de ce résumé.

“Nous avons employé une analyse multi-omique (NDLR : mégadonnées biologique) combinée à l’intelligence artificielle dans une cohorte de jeunes patients où les comorbidités majeures ont été exclues dès le début. La cohorte comprenait 47 patients ” critiques ” (dans l’unité de soins intensifs sous ventilation mécanique) et 25 ” non critiques ” (dans un service de soins non critiques) atteints de COVID-19 et 22 individus sains.

Les analyses comprenaient le séquençage du génome entier, le séquençage de l’ARN du sang entier, la protéomique du plasma et des cellules mononucléaires sanguines, le profilage des cytokines et l’immunophénotypage à haut débit. Un ensemble d’apprentissage automatique, d’apprentissage profond, de recuit quantique et de modélisation causale structurelle a été utilisé. Les patients atteints de COVID-19 critique étaient caractérisés par une inflammation exacerbée, des compartiments lymphoïdes et myéloïdes perturbés, une coagulation accrue et une biologie cellulaire virale. Parmi les gènes différentiellement exprimés, nous avons observé une régulation positive de la métalloprotéase ADAM9.

Cette signature génétique a été validée dans une deuxième cohorte indépendante de 81 patients critiques et 73 patients guéris atteints de COVID-19, et a été confirmée au niveau transcriptionnel et protéique ainsi que par l’activité protéolytique. L’inhibition ex vivo de l’ADAM9 a diminué l’absorption et la réplication du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans les cellules épithéliales pulmonaires humaines.
En conclusion, au sein d’une cohorte de jeunes individus, par ailleurs en bonne santé, atteints de COVID-19, nous fournissons le paysage des perturbations biologiques in vivo où une signature génétique unique différencie les patients critiques des patients non critiques. Nous avons également identifié l’ADAM9 comme un facteur de gravité de la maladie et une cible thérapeutique potentielle.“

https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abj7521

Selon le Professeur Bahram, quand on “éteint” expérimentalement ce gène, le COVID19 a plus de difficulté à entrer dans les cellules humaines donc à se montrer dangereux. Ces pistes nouvelles pourront apporter des réponses dans la prévention et le traitement des mécanismes menant aux formes graves du COVID19 et des détresses respiratoires.

Une équipe internationale rassemblée autour de Strasbourg

Ce sont plus de 55 chercheurs et universitaires qui ont participé à ces recherches ces derniers mois. Afin de traiter les milliers de données biologiques, l’Université de Strasbourg, le CHU, le LabEx TRANSLANTEX et l’INSERM ont fait appel à l’Intelligence Artificielle de Genuity Science basé à Boston et à l‘U.S. Department of Energy.

Les chercheurs Strasbourgeois ont permis, encore une fois, d’offrir des éclaircies quant au traitement du coronavirus qui, rappelons le, a provoqué la mort de près de 5 millions de personnes dans le monde depuis 2020.